Sekretne czaty są przypisane do konkretnego urządzenia i sesji, co oznacza, że nie pojawiają się na innych urządzeniach użytkownika i zostaną anulowane, jeśli jeden z uczestników się wyloguje.
Te czaty uniemożliwiają przekazywanie wiadomości i mają dodatkowe funkcje ochrony prywatności takie jak zegar samozniszczenia, który usuwa wiadomości po ich przeczytaniu, a także alerty o zrzutach ekranu w systemie iOS i blokowanie zrzutów ekranu w systemie Android. Sekretne czaty można rozpoznać po ikonie 🔒 w nagłówku i na liście czatów.
Szyfrowanie end-to-end zapewnia protokół MTProto 2.0 Telegrama, który został niezależnie zweryfikowany przez tysiące badaczy.